Das Gesetz enthält keine Definition der kirchlichen Stiftung. Nach herrschender Praxis ist von einer kirchlichen Stiftung auszugehen, wenn eine kirchliche Zwecksetzung und eine organische Verbindung zu einer Religionsgemeinschaft vorliegt. Die kirchliche Stiftung unterscheidet sich von den übrigen dadurch, dass sie einerseits nicht in das Handelsregister einzutragen ist und anderseits nicht der Stiftungsaufsicht unterstellt ist.
Dem Merkmal der organischen Verbindung zu einer Religionsgemeinschaft ist jedoch inhärent, dass die staatliche Aufsicht durch die Aufsicht der betreffenden Religionsgemeinschaft wahrgenommen wird.
Der kirchliche Zweck ist regelmässig nur dann gegeben, wenn die Stiftung unmittelbar dem Glauben an Gott dient. Dies ist der Fall bei Stiftungen für Kultuszwecke (z.B. Unterhalt einer Kirche), für die Förderung einer entsprechenden religiösen Lehre, zur Förderung einer Missionstätigkeit usw. Der kirchliche Zweck fehlt Stiftungen, welche soziale oder karitative Zwecke verfolgen (z.B. Pflege von Kranken, Betagten oder Behinderten).